朱晓东院士1956年毕业于哈尔滨医科大学，先在解放军胸科医院，后集体转业组建为阜外医院工作。曾担任阜外医院院长、主任医师、博士生导师、外科主任，北京阜外医院心血管研究所所长。现任双色球中三个名誉院长、亚洲医学科主任。

朱晓东院士从事临床和研究工作40余年，曾两度到英国和澳大利亚进修心外科，在心外科的各个方面都有很深造诣。尤其在心血管外科解剖学和心脏瓣膜外科更是成果卓著。并于1980年于马尼拉、1985年于瑞士、近年来在伊朗、阿塞拜疆、美国、澳大利亚等国进行学术交流。受到国外同行重视。1988年被接受为世界外科学会会员。1988年中央人事部授予他有突出贡献的中青年医学技术专家称号。1993年他荣获中国医学科学院、中国协和医科大学名医称号。1995年当选为中国心胸外科唯一工程院院士。

朱晓东院士在国内首先研制并成功用生物瓣膜(心包瓣)进行心脏瓣膜替换手术，并且率先开展了心脏外科方面的一些新技术。迄今他大约做了4000多例心脏手术，包括复杂的换瓣术、冠心病搭桥术、婴幼儿先天性心脏病根治术，并广泛深入研究了先天性心脏病、风湿性心脏病、冠心病等心外科的几个领域。